Kunkel 突变法是一种便捷的蛋白质多位点组合突变方法，也是构建全合成生物药物库的关键技术。它可以应用于全合成、半合成抗体库、多肽库、TCR 库、Affibody 库的构建，同时也可以用于生物药物的优化过程，例如亲和力成熟、pH 敏感性改造和蛋白稳定性优化等。这种技术使科学家能够更有效地探索蛋白质的序列空间，发现新的生物药物候选物，并优化现有的生物药物。
# kunkel 突变原理及应用
DNA 序列中的任何一个碱基发生替换、插入或缺失的过程被称为基因的定点突变。这种定点突变在基因工程和蛋白质工程中是一种广泛应用的重要技术。有几种常见的方法可以实现基因的定点突变，包括寡核苷酸介导的定点突变、盒式定点突变和 PCR 介导的定点突变。
为了提高诱变效率，T.A. Kunkel 在 1985 年对寡核苷酸定点诱变法进行了改进。这种改进的方法涉及到将复制型的 M13 噬菌体转化到脱氧尿苷三磷酸酶和尿嘧啶脱糖苷酶双缺陷的 E. coli（dut-，ung-）菌株中生长。在这个过程中，尿苷（U）被掺入到 DNA 链中，替换了原本的胸腺嘧啶（T），从而生成了尿嘧啶单链 DNA（dU ssDNA），然后使用含有编码突变的引物与 dU ssDNA 模板的特定位点进行退火，以引入突变。延伸后，产生了异源共价闭合环状双链 DNA（CCC-dsDNA）。最后，将这个异源 CCC-dsDNA 转化到正常的菌株中（dut+，ung+），含有尿苷的模板链被破坏，新合成的带有突变碱基而不含尿苷核苷酸的新链得以保存下来（图 1）。
这种方法明显提高了诱变效率，为基因工程和蛋白质工程的进一步研究和发展提供了有力的工具。
图 1. Kunkel 突变流程图
Kunkel 突变法是一种高效、快速且经济实惠的多位点定点诱变策略，常被用于构建抗体噬菌体展示文库。这种策略在一次反应中能够对抗体所有的互补决定区（CDRs）进行多个位点的组合突变。
# kunkel 突变条件优化及操作
在构建蛋白质或抗体库的过程中，我们通常会设计简并引物，以便在特定区域（如抗体 CDR 区域）引入数十亿多样性的突变。抗体库的多样性和质量（有效突变数目）主要取决于 Kunkel 反应的突变效率。过去的研究表明，单位点突变的效率大约为 50%，而多位点突变的效率更低，一般在 10-30%左右。 在定点突变之后通过酶切消化去除野生型模板也可以有效提高抗体库突变效率。然而，这种策略不仅增加了额外的实验步骤，同时也会显著降低库的多样性。
为了解决 Kunkel 反应突变效率低的问题，我们优化了 DNA 模板和诱变寡核苷酸中的密码子，成功降低了互补区域的 GC 含量。不仅如此，我们还通过调整寡核苷酸的长度，减小了上游和下游互补区域 GC 含量的差异（如图 2 所示）。这些改进措施显著提升了 Kunkel 反应在单一位点和多位点突变上的效率，使噬菌体库的多样性和库容得以提升。此外，在进行多位点突变时，我们发现采用多级退火程序能有效提升突变效率。这些策略不仅优化了蛋白质和抗体库的构建过程，还提高了整个过程的效率和可靠性。
图 2. Kunkel 突变中的退火反应以及突变引物的区域划分
优化后的 kunkel 突变 操作如下 ：
设计突变引物，通过对 Upstream 和 Downstream 互补区域进行密码子优化和长度调整，将这两个区域的 GC 含量控制到 30%-45% ，示例如下：
野生型 WT H2-Oligo（GC%=57.1%-61.9%）：
AAGGGCCTGGAATGGGTCTCA TMTATTTMTYCTT
MTTMTRGCTMTACTTMT TATGCGGACTCTGTGGAGGGC
优化后 LGC H2-Oligo（GC%=33.3%-38.1%）：
AAAGGTTTAGAATGGGTTTCA TMTATTTMTYCTT
MTTMTRGCTMTACTTMT TATGCTGATTCTGTAGAAGGT
特别提醒：如果引物互补区域进行了核苷酸的调整，其对应的模板区域也要进行相应的改变，这样才能形成引物和模板的互补结合。
向突变引物中加入多核苷酸激酶进行磷酸化反应；
将反应产物与 dU-ssDNA 混合，升温变性，然后退火；
用 T7 DNA 聚合酶和 T4 DNA 连接酶进行延伸反应合成 CCC-dsDNA；
纯化回收 CCC-dsDNA 后转化至 ss320（dut+，ung+）感受态细胞，活化后涂布抗性平板，次日即可挑单克隆测序以确定突变效率。
# trimer 引物设计及优势
Trimer 引物是由 3 个核苷按照预定种类和顺序连接形成三联核苷（Trimer phosphoramidites），这些不同的三联核苷与不同的氨基酸一一对应。这种引物可以满足对蛋白、抗体文库中特定位点氨基酸的多样性和偏好性需求。在突变位点处使用 Trimer 引物可以避免产生冗余突变和终止密码子。根据氨基酸碱基密码进行设计，密码子与氨基酸一一对应。通过混合元件单元设计引物，可以精准控制突变位点氨基酸比例。
突变引物设计
Trimer 引物设计，示例：
以如下引物为例，X 代表要求的密码子突变位置。
5' GCAACTTATTACTGTCAGCAA
X1X2X3X4X5X6TGTX7X8X9X10X11X12X13X14X15X16X17TACX18
CACGTTCGGACAGGG 3'
其中， X1 Trimer=A（80%）：G（3%）：R（3%）：S（3%）：T（8%）：V（3%）。
# 引用
Liu B, Long S, Liu J. Improving the mutagenesis efficiency of the Kunkel method by codon optimization and annealing temperature adjustment. N Biotechnol. 2020 May 25;56:46-53. doi: 10.1016/j.nbt.2019.11.004. Epub 2019 Nov 11. PMID: 31726223.
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